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根据游动孢子鞭毛的类型、数目和着生部位，鞭毛菌亚门分为下列4纲（图3）。
壶菌纲
Chytri-diomycetes
能产生一根后生尾鞭式游动孢子和游动配子。营养体由单细胞到发达的菌丝体，整体产果式或分体造果式。无性繁殖产生游动孢子，游动孢子的大核帽有重要的分类意义。有性生殖多样，有同型配子、异型配子和不典型的卵配生殖，形成合子、休眠孢子或休眠孢子囊。繁殖时需要凝结水，多数存活水中，少数土栖。大多数寄生于水生真菌、藻类或小动物，少数侵染种子植物的是腐霉菌。多数壶菌对人类没有直接经济价值。但雕蚀菌属（Coelomyces）寄生于蚊的幼虫，可望用于蚊的生物防治。已知壶菌纲有110属575种。根据营养体和繁殖体的特征分为下列4目。①壶菌目（Chytridiales）。营养体为具假根或根状菌丝的单细胞。②肋壶菌目（Harpochytriales）。营养体为菌丝体，有性生殖不详。③芽枝菌目（Blastocladiales）。营养体为菌丝体，有性生殖为两个能动配子相互配合。④单毛菌目（Monoblepharidales）。营养体为菌丝体，有性生殖为一能动和不动配子相配合。
丝壶菌纲
Hyphochytriomycetes
游动孢子前端单生茸鞭式鞭毛。除鞭毛外，本纲真菌的形态、结构和生活史与壶菌纲极为相似，以往归于壶菌纲。多数种的有性生殖不详，个别种属配子配合，在寄主体内形成休眠孢子囊。此纲多生于水中，寄生于藻类和真菌，或腐生于水中的植物和昆虫残骸上，少数生于潮湿土壤中。本纲含一目（丝壶菌目）、3科（Anisolpidiaceae，Hyphochytriaceae，Rhizidiomycetaceae）、6属、16种。其经济意义不大。
根肿菌纲
Plasmodiophoromycetes
对于本纲的分类地位争论不一，有人根据营养体为原质团，像粘菌的粘变形体，主张归属粘菌。有人根据其原质团内核分裂时核仁保持一段时间并延长，侧面呈“十”字形，似原生动物，将它归属动物。多数学者主张将它归属真菌，理由是：①根肿菌为细胞内寄生菌，其营养方式与自由生活的真正粘菌不同。②游动孢子囊中的高尔基体与卵菌的极为相似，③休眠孢子囊为双层壁，主要成分为几丁质，粘菌为三层壁，主要成分为纤维素。本纲全部为内寄生菌（见粘菌）。
卵菌纲
Oomycetes有性生殖形成卵孢子。营养体自低等单细胞至发达的菌丝体，整体产果式或分体产果式。无性繁殖由孢子囊产生游动孢子，游动孢子具基本等长的双鞭毛，茸鞭向前，尾鞭在后；高等类型的孢子囊萌发生芽管。有性生殖通过雄器和藏卵器的接触交配后，由受精的卵球发育成卵孢子；减数分裂在雄器和藏卵器内进行。所以卵孢子、游动孢子和菌丝体均为二倍体，因此生活史中二倍体阶段特别长（图4）。
图4 卵菌生活史示意图
根据形态学、细胞学、生理生化学、分子生物学等研究结果，卵菌的核循环、超微结构、胞壁组分、DNA的GC率、赖氨酸生物合成途径、色氨酸合成酶沉降图型、25S RNA分子量以及其他多方面的性状，卵菌与其他真菌迥然不同，只是在功能上很像真菌，实际与真菌无近缘关系。因此，不少生物系统学家将卵菌排除在真菌以外，有的学家将它归入植物界，另一些学者则将它归入原生生物界。但是卵菌一致被真菌学家所研究。
卵菌分布广泛，低等的类群多为水中腐生菌或寄生菌；高等的多为陆生植物的专性寄生菌；有部分是两栖类型，腐生于水中，条件适合时可侵染活的有机体，营寄生生活。
1973年，斯帕罗将卵菌纲分为4目（Lagenidiales，Leptomitaks，Peronosporales，Sap-rolegniales），1976年又将卵菌纲分为6目（Eurychasmales，Labyrinthulales，Lagenidiales，Per-onosporales，Saprolegniales，Thraustochytriales）；英国迪克等（M.W.Dick et al.，1984）将本纲分为水霉亚纲和霜霉亚纲两亚纲，亚纲下再分目。本纲有72属约600种。现根据营养体的特征、游动孢子的类型和卵球的数目分为4目。①水霉目（Saprolegniales）。游动孢子两游式或具两游式征象，藏卵器含一至数个卵球。②水节霉目（Leptomitales）。游动孢子两游式或具两游式征象，藏卵器含一个卵球。③链壶菌目（Lagenidiales）。游动孢子单游式，鞭毛侧生，整体产果式。④霜霉目（Percnosporales）。游动孢子单游式，鞭毛侧生，分体产果式，含单个卵球。
参考书目
Ainsworth，G.C.et al.(ed.):The Fungi，An Advanced Treatise，Academic Press，Inc.，New York，1973.
微生物是指那些个体体积直径一般小于1mm的生物群体，它们结构简单，大多是单细胞，还有些甚至连细胞结构也没有。人们通常会借助显微镜或者电子显微镜才能看清它们的形态和结构。需要说明的是微生物是一个比较笼统的概念，界线有时会非常模糊。如单细胞藻类和一些原生动物也应算是微生物，但通常它们并不放在微生物中进行研究。
按我国学者提出的分类法将生物分成六界：病毒界、原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和动物界。不难看出微生物在六界中占了四界，因此微生物在自然界中的重要地位是显而易见的，其研究的对象也是十分广泛而丰富的。
微生物(Microorganism)是广泛存在于自然界中的一群肉眼看不见，必须借助光学显微镜或电子显微镜放大数百倍、数千倍甚至数万倍才能观察到的微小生物的总称。它们具有体形微小、结构简单、繁殖迅速、容易变异及适应环境能力强等优点。
微生物种类繁多，至少有十万种以上。按其结构、化学组成及生活习性等差异可分成三大类。
一、真核细胞型微生物 细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体；胞质内有完整的细胞器（如内质网、核糖体及线粒体等）。真菌属于此类型微生物。
二、原核细胞型微生物 细胞核分化程度低，仅有原始核质，没有核膜与核仁；细胞器不很完善。这类微生物种类众多，有细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌。
三、非细胞型微生物 没有典型的细胞结构，亦无产生能量的酶系统，只能在活细胞内生长繁殖。病毒属于此类型微生物。
微生物在自然界中的分布极为广泛，空气、土壤、江河、湖泊、海洋等都有数量不等、种类不一的微生物存在。在人类、动物和植物的体表及其与外界相通的腔道中也有多种微生物存在。
绝大多数微生物对人类和动、植物的生存是有益而必需的。自然界中氮、碳、硫等多种元素循环靠微生物的代谢活动来进行。例如空气中的大量氮气只有依靠微生物的作用才能被植物吸收，土壤中的微生物能将动、植物蛋白质转化为无机含氮化合物，以供植物生长的需要，而植物又为人类和动物所利用。因此，没有微生物，植物就不能新陈代谢，而人类和动物也将无法生存。
在农业方面，人类广泛利用一些微生物的特性，开辟了以菌造肥、以菌催长、以菌防病、以菌治病等农业增产新途径。在工业方面，微生物在食品、制革、纺织、石油、化工等领域的应用越来越广泛。尤其是在医药工业方面，几乎所有的抗生素都是微生物的代谢产物，另外还可利用微生物来制造一些维生素、辅酶等药物。
即使是许多寄生在人类和动物腔道中的微生物，在正常情况下也是无害的，而且有的还具有拮抗外来菌的侵袭和定居，以及提供人类必需的营养物质（如多种维生素和氨基酸等）的作用。
有一小部分微生物能引起人类或动、植物的病害，这些具有致病性的微生物称为病原微生物。有些微生物在正常情况下不致病，而在特定条件下可引起疾病，称为条件性病原微生物。
微生物学(Microbiology)是生物学的一个分支，是研究微生物的进化、分类，在一定条件下的形态、结构、生命活动规律及其与人类、运动、植物、自然界相互关系等问题的科学。随着研究范围的日益扩大和深入，微生物学又逐渐形成了许多分支学科，着重研究微生物学基本问题的有普通微生物学、微生物分类学、微生物生理学、微生物生态学、微生物遗传学、分子微生物学等。按研究对象可分为细菌学、真菌学、病毒学等。按研究和应用领域可分为农业微生物学、工业微生物学、医学微生物学、兽医微生物学、食品微生物学、海洋微生物学、土壤微生物学等。
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